『文部科学省は来年度、科学技術への効率的な投資のあり方について研究するプロジェクト「政策のための科学」を発足させる方針を決めた。科学技術の戦略作りに生かす。昨年の「事業仕分け」で研究の意義を十分に説明できなかった反省を踏まえ、研究投資の根拠を明確にする狙いもある。』

最適な投資のあり方、政府予算の配分割合など戦略構築につなげる。投資効果を分析するためのデータベースの作成や指標作りについても研究を進めるとしている。

全国２～４か所の大学院に「政策のための科学」の専門コースを設け、教育研究拠点を構築する。ほかに、公募のうえで選出した全国の研究者に補助金を出して支援する。文科省は研究成果を政策作りに生かすために専門部署を設ける予定だ。

科学技術分野では、予期せぬ発見が新分野を開拓するといった不確実な要素が多いため投資効果を客観的に示すことが難しく、これまで研究が進んでいなかった。米国は２００６年、科学投資の有効性を検証するプロジェクト「科学政策の科学」を省庁横断で発足させている。

『鳩山政権が２０日から始める「事業仕分け」第２弾後半戦で対象となる公益法人の候補が明らかになった。全日本交通安全協会（警察庁）や日本宝くじ協会（総務省）、競輪の振興を担うＪＫＡ（経済産業省）、空港環境整備協会（国土交通省）、塩事業センター（財務省）など、１２省庁が所管する７３公益法人。このほか４特別民間法人も候補に挙がっている。』

国が所管する公益法人は約６６００あるという。
そのうち、
▽国からの財政支出が年間１千万円以上
▽役員に官僚ＯＢの天下りがいる――などの基準で絞り込んだ。

所管省庁別では、候補が最も多いのが国交省の２７法人で全体の３分の１以上を占める。総務省１１法人、経産省１０法人と続く。
対象候補の７７法人が担う事業数は１００を超える。

政府系公益法人や特別民間法人は、国の仕事を請け負っているにもかかわらず、民間の法人のため政府のチェックが働かない。仕分け作業によって、法人の事業の必要性や重複の有無、天下りの実態などをあぶり出し、制度改革につなげる考えだ。

事業仕分け第２弾の後半戦は２０、２１、２４、２５日の４日間、東京・五反田の「ＴＯＣ（東京卸売りセンター）」で行われる。

『鳩山政権が２３日から始める「事業仕分け」第２弾で、仕分けの対象となる独立行政法人（独法）の候補が７日、明らかになった。現在１０４法人ある独 法のうち、都市再生機構（国土交通省）や大学入試センター（文部科学省）、国民生活センター（内閣府）など１１府省が所管する５４法人が挙がっている。事業数では１００以上にのぼる。』

２３日からの事業仕分け本番で、対象法人の事業の中身を精査し、必要性や緊急性が低い事業の「廃止」や「予算削減」などを判定する。

民主党は野党時代、独立行政法人について「官僚の天下りや税金の無駄遣いの温床」と指摘。昨年の衆院選マニフェストでは「全廃も含めて見直す」とした。 第２弾に向け、そもそもの事業の必要性や、事業の効率性の観点から政府が直接事業をした方がいいか、民間に事業を移管した方がいいか、といった点から候補 を絞った。所管府省別では、候補の所管法人が最も多いのが文科省の１６、次いで国交省が９となっている。

鳩山政権は、独立行政法人の仕分け終了後、５月下旬からは財団法人や社団法人といった政府系公益法人の事業仕分けも実施する予定。現在、官僚ＯＢが在籍するなど政府の関与が強い３００～４００の公益法人へのヒアリングに着手、対象法人の絞り込みを進めている。

自民党の中川秀直元幹事長に対する答弁。特別民間法人、公益法人については「保有残高の総額を把握していない」と述べ、４月下旬に実施する「事業仕分け」で取り上げる意向を示した。

国からの出資金や交付金から事業費を除いた余剰資産で国債を購入している独法に対しては、これまでも「余剰分は国に返還すべきだ」との批判が出ていた。

全国学力調査は小６、中３を対象に、自公政権のもとで０７年度に始まった。民主党は「全員に実施しなくても学力傾向はわかる」という立場で、政権 交代後、文科省の政務三役は「４割抽出」への切り替えを表明。予算要求は自公政権の約５７億円から２０億円以上減らし、この日の事業仕分けでも文科省の職 員は「努力」を強調した。

しかし、仕分け人側は納得しない。「４割は調べないと都道府県別の学力を把握できない」「教育委員会側の要望もある」とする文科省に対し、「県別 のランキングをぜひとも出したいということか」「子どもの学力水準の向上という目的と違う」と批判が続出。

文科省が毎年違う問題を出して内容を公表してい ることについても「非公表にした上で毎年同じ問題でやらないと、年ごとの比較ができない」との指摘が出た。

とりまとめ役の蓮舫（れん・ほう）参院議員は、調査自体が目的化していないか、と指摘。調査ではなく、子どもの学力向上のための具体的な施策に予算を回すのが「税金の有効な使い方」と話した。

2009年11月23日付けasahi.comは、
『仙谷由人行政刷新相は２３日、「事業仕分け」で事実上の凍結とされた次世代スーパーコンピューター推進事業について、事業の復活を含めて再検討する考えを示した。島根県隠岐の島町で、記者団の質問に答えた。』と報じた。

仙谷氏は、研究者らから仕分け結果に批判が出ていることについて、「見直しという問題提起があったわけだから、専門的に検討しなければならない。全額予算計上見送りになるかどうかは、これからの検討次第だ」と語った。

スパコンについては、菅直人副総理が２２日のＮＨＫ番組で「見直すことになる。全部もう一回、政治のプロセスにかける」と述べていた。仕分けの結果は今後、主要閣僚が参加する行政刷新会議の親会議で政治判断されるという。

仙谷氏はまた、事業仕分けの対象になっていない分野でも行政のムダを洗い出すため、国民や国家公務員の声を直接聴く制度を、１２月上旬にも新たに始める意向も明らかにしている。

2009年11月18日付けasahi.comは、『１７日の「事業仕分け」の会場に、ノーベル化学賞を受賞した島津製作所の田中耕一さんが姿を見せた。対象になった文部科学省の「先端計測分析技術・機器開発事業」（概算要求額５５億円）の技術顧問を務めているといい、「自分がかかわっている研究が国民にどう評価されるのかを知りたかった」と話した。』
と伝えた。

仕分けでは「効果的な事業とは言えない」などと手厳しい指摘が続き、結果は「１～２割の予算削減」に。田中さんは「こうした事業の意義、産学連携の重要性が認められなかったことが残念だ」と述べ、会場をあとにしたという。

2009年11月11日付けasahi.comはその様子を以下に伝えている。

『来年度予算要求の無駄を洗い出す行政刷新会議は１１日、初日の「事業仕分け」を国立印刷局市ケ谷センター（東京都新宿区）で行った。対象２３項目のうち農道整備事業（概算要求額約１６８億円）や若年者雇用対策の「若者自立塾」（同約４億円）など計約５００億円、７項目で「廃止」を打ち出した。さらに地方移管や予算の大幅削減なども含め全事業について見直しを求めた。』

「廃止」といっても、仕分け結果が来年度予算に反映されるかどうかは、最終的には財務省の予算査定で決まる。「廃止」と判断された事業の所管省庁からは「結果は参考程度にしかならない」との声もあるという。ただ鳩山由紀夫首相は仕分け結果を類似事業などに反映するよう指示する方針で、今後の予算編成に大きな影響を与えるとしている。

「廃止」と判断した事業には、１００億円を超える大型公共事業が含まれる。国土交通省の国土・景観形成事業推進調整費は「予備費で対応可能」、農林水産省の農道整備事業は「歴史的使命を終えた」と判断。厚生労働省の健康増進対策費、若者自立塾、文部科学省の子どもの読書活動の推進事業と子どもゆめ基金、小学生への英語教育などソフト事業にも「政策効果が不透明だ」などと指摘した。

国交省の下水道事業や農水省の農業集落排水事業は、自治体の判断を重視すべきだとして「地方移管」となった。ともに今後、具体的な移管方法や時期をめぐり、地方側との調整が必要となるという。